Peter Boerner wurde am 10. März 1926 in Tartu (ehem. Dorpat) in Estland geboren. 1946 begann er sein Studium der deutschen und vergleichenden Literaturwissenschaft, Kunstgeschichte und Anthropologie an der Goethe-Universität Frankfurt am Main. Früh setzte er sich mit Goethe auseinander – zunächst in den Seminaren von Ernst Beutler, später bei seiner Mitarbeit an den Projekten des Freien Deutschen Hochstifts.
Hier erstellte er als Student vier Register für die Goethe-Gedenkausgabe, die im Artemis-Verlag in Zürich erschien. Beutler betonte: „Ihr Register ist der Kommentar. […] Boerner ist mehr als Goethe“.

Ab 1951 übernahm er die Herausgabe des Goethe-Kalenders Mit Goethe durch das Jahr, der bis heute verlegt wird. Peter Boerner besaß viel Humor und bezeichnete sich scherzhaft als Goethes „Kalendermann“. Nach seiner Promotion wurde Boerner der erste Kustos des 1955 gegründeten Goethe-Museums in Düsseldorf.

„Er will nach Amerika, weil ihm Deutschland zu eng ist“ berichtete Ernst Beutler in einem Empfehlungsschreiben und tatsächlich kam es so: zunächst im Rahmen von Forschungsaufenthalten und befristeten Lehrtätigkeiten. 1971 übernahm er schließlich eine Professur für Comparative Literature an der Indiana University in Bloomington.

Mit Nachdruck widmete sich Peter Boerner der Vermittlung und allgemeinen Zugänglichkeit von Goethes Werk. Ein deutliches Zeugnis dafür ist seine umfassende, zugleich preiswerte 45-bändige Goethe-Gesamtausgabe für Studierende, die zwischen 1961 und 1963 herausgegeben wurde. Gleichfalls publizierte er den Kleine Artemis Goethe, eine auf zehn Bände komprimierte Gesamtausgabe seines Lehrers Beutler.

1964 erschien seine Goethe-Biographie als 100. Band der renommierten „Rowohlts Monographien“ und machte Goethes Leben und Werk einem breiten Publikum zugänglich. Die Erstausgabe erreichte bis zur 32. Auflage 264.000 Exemplare, die Neuausgabe (Nr. 577) erschien 1999 in zwölf Auflagen mit 56.000 Exemplaren.
Die Monographie wurde in acht Sprachen übersetzt, darunter Japanisch, (Süd-)koreanisch, Türkisch, Dänisch, Chinesisch und Estnisch. Die englische Übersetzung verfasste seine Ehefrau, die Fachbibliothekarin und Übersetzerin Nancy Boerner, geborene Sanden.